2016年10月，国际学术权威刊物Nature出版集团旗下子刊《The ISME Journal》发表了周雪平教授团队与浙江大学农学院李斌副教授课题组合作完成的最新研究成果“Multi-omics analysis of niche specificity provides new insights into ecological adaptation in bacteria ”。该研究利用多组学方法揭示了细菌微环境适应性新机制。周雪平教授和李斌副教授为共同通讯作者。

同一个种亲缘关系非常接近的不同菌株能适应截然不同的微环境一直是进化细菌学领域的研究热点。基于此，周雪平教授和李斌副教授课题组以分别扮演了植物病原菌、环境腐生菌、水稻病害生防菌和人体病原菌角色的洋葱伯克氏菌（Burkholderias seminalis）菌株0901、S9、R456和LMG24067为对象开展研究，不仅揭示了位点专化性在这些细菌菌株生态角色形成中的功能，还利用表型组学、基因组学、转录组学以及甲基化组学等研究手段，解析了这些亲缘关系接近的菌株适应不同微环境的分子机制。

分析结果表明，这些菌株适应不同的微环境可能受到基因水平转移，基因簇差异表达以及表观遗传学共同影响所导致的代谢改变。例如在植物致病菌的基因组上发现了大量的串联特异基因，这些基因在其它三个菌株上均未有同源基因，表明可能是通过基因的水平转移而获得的基因岛，表达分析发现了一组曾报道与植物致病密切相关的基因岛在病菌侵染植物时有统计显著高表达，说明基因水平转移在亲缘关系相近菌株的微环境适应性中发挥了作用。该研究成果为细菌微环境适应性机制的研究提供了新的思路。

    全文链接：http://www.nature.com/ismej/journal/vaop/ncurrent/abs/ismej2015251a.html